Tarihi bir Kent olan Yüksekova' nın tarihi M.Ö.7000 lere değin uzandığı kesin olarak bilinmektedir.
GEVEROK vadisinde kayalara kazılmış bini aşkın resim bulunmuştur. Bu resimler yapısal özellikleri nedeniyle NEOLOTİK dönemle tarihlenmektedir. M.Ö.1000' de ise yörede URARTU uygarlığı yaşanmıştır. Bu uygarlığın en kalıcı izleri ise İlçe sınırları içindeki ünlü ORDU yoludur. Bu yol, URARTU krallığının Van Gölü kıyısındaki merkezi TUŞBA'dan (Van İlinin eski ismi)başlayıp CİLO Dağlarına değin uzanmaktadır. KELYAŞİN ve TOPUZAVA anıtları üzerinde URARTU dili ile yazılmış yazıtlar vardır ki; Bu uygarlıkla en doğrudan bilgiler bu yazıtlardan elde edilmiştir.
Büyükçiftlik (Hırvata) Köyü kalıntıları, Yüksekova' nın batısında Orişe deresi ağzındaki büyük bir kent ve kale kalıntısıdır. Burası Urartu' nun önemli kentlerinden Musaşir olduğu sanılmaktadır.
Eski adı GEVER olan Yüksekova Kanuni Sultan Süleyman' ın egemenlik yıllarında Osmanlı topraklarına katılmıştır. 1.Dünya savaşında Ruslar Yüksekova' yı işgal ettiler. (24 Mayıs 1915) Nasturi liderlerinden Marşimonu HOY' a götürdüler.Onun aracılığı ile bütün Nasturileri ayaklandırarak Türk ordusuna karşı kullandılar. 1915' te bölgedeki Müslüman halk Rus ve Nasturi zulmünden kaçarak dağıldılar. 5 Mayıs 1919' da yerli milis kuvvetleri ve şanlı ordumuz tarafından Yüksekova kurtarılınca isyancı Nasturiler, Urumiye (İran'ın Yüksekova' ya komşu olan ili) bölgesine çekildiler.

19.Yüzyılda Van vilayetine bağlı Hakkari livasının kazası olan Yüksekova 1936' da ilçe konumuna getirilmiştir. İlçe Merkezinin eski adı Dize' dir.